Les atouts de l'Iroise en terme de conservation ne sont pas négligeables car ils représentent un véritable modèle réduit des écosystèmes marins côtiers des zones tempérés. Cela lui confère un grand intérêt scientifique et pédagogique.

Ces atouts se divisent en cinq zones principales d'importance.

1)      Zone représentative des côtes Manche-Atlantique françaises – Elle présente un concentré des principaux types de fonds marins des côtes occidentales françaises avec ses ensembles de sables fins, ses enclaves de sables entre les plateaux rocheux, ses archipels, ses fonds à cailloutis hétérogènes…

2)      Zone refuge – elle joue un rôle de conservatoire naturel de la faune et de la flore marines des côtes Manche / Atlantique françaises : l'archipel de Molène, la Chaussée de Sein, les falaises et les tombants rocheux  jouent un rôle refuge pour de nombreuses espèces, du fait de la complexité d'accès pendant une grande majorité de l'année.

3)      Zone source / zone conservatoire – elle permet de sauvegarder les potentialités de restauration et de re-colonisation des secteurs côtiers passablement dégradés. Elle fonctionne avec l'ensemble des espaces océaniques et les apports continentaux, par l'intermédiaire des courants résiduels qui dispersent les œufs, les larves et les spores, ou avec les déplacements actifs des individus eux-même lors de leur migration.

4)      Zone témoin – grâce à sa situation particulière, elle joue un rôle primordial dans l'observation des changements climatiques. Celle-ci se fait principalement par la surveillance de l'apparition de nouvelles espèces animales ou végétales sur le site.

5)      Zone modèle – ce terme s'entend sur le plan scientifique. L'ensemble biologique de la zone a pour l'homme un rôle d'espace laboratoire, offrant ainsi un intérêt pour la recherche scientifique, ainsi que pour l'information et l'éducation du public.