Ils sont de deux types : rocheux et sédimentaires 

Les habitats rocheux :

Faune comme flore y pullulent. On trouve tout d'abord une zone de lichens, puis suivant les courants, des ceintures d'algues brunes dans lesquelles vivent et se développent toute une faune, comme les patelles, les gibbules, les bigorneaux et les crabes. Puis, en continuant à descendre, on rencontre les ceintures de pelvetie et celles des fucus. Plus bas encore on trouve les forêts sous-marines de laminaires qui s'étendent jusqu'à 25 mètres de profondeur.

Ces laminaires jouent un rôle primordial, de support, d'abri ou de nourriture pour de nombreuses espèces de végétaux et d'animaux, des algues rouges, des ormeaux, des vieilles, des crevettes roses ou des jeunes tourteaux.

Si les courants sont trop forts ou les vagues trop violentes, les ceintures d'algues ne peuvent tenir et la roche se couvre alors de balanes, accompagnées quelques fois de grappes de moules.

En-dessous de 25 mètres, la flore se fait plus discrète et la faune est principalement constituée d'éponges, de roses de mer, de gorgones, et plus bas encore, de corail jaune et du blanc grisâtre brachiopode Terebratulina retusa, survivant d'un groupe dont les fossiles abondent dans les terrains des ères primaire et secondaire.

Les habitats sédimentaires :

Il existe trois habitats sédimentaires différents qui  abritent une vie biologique riche et variée: les sables fins, de mode battu, sur les plages faisant face au large ; dans les fonds de l'Iroise,  les sables grossiers et graviers, ainsi que les sables moyens ; les sables fins envasés.

Sur le sable, en plus des puces de mer, il est facile de remarquer les trous et les tortillons démontrant la présence souterraine des tubicoles, bivalves et oursins des sables. La présence des vers et des bivalves attire les prédateurs tels que les étoiles de mer, les poissons plats, les grondins ou les raies. Plus bas, à la limite des basses-mers, on trouve les jeunes plies, soles pôles, barbues et turbots.  En descendant encore, apparaissent les jeunes limandes, vers 15 mètres de profondeur.